Stogo saulės elektrinės plokštelės apsauga nuo vandens yra kritiškai svarbus procesas, sukurtas tam, kad apsaugotų pastatą nuo vandens patekimo į vidų, kai saulės plokštelės montuojamos ant stogo su čerpėmis, užtikrindama tiek stogo vientisumą, tiek saulės sistemos ilgaamžiškumą. Čerpėmis dengti stogai – dažni tiek gyvenamuosiuose, tiek komerciniuose pastatuose – turi persidengiančias čerpes, kurios sudaro natūralią vandens barjerą, tačiau saulės plokščių montavimui reikia pramušti arba pakelti čerpes, kad būtų pritvirtinti montavimo elementai, dėl ko gali atsirasti galimų nutekėjimo vietų. Veiksmingos hidroizoliacijos sprendimai šias problemas pašalina naudojant specialias medžiagas ir technikas. Pagrindiniai komponentai apima apsauginius lakštus (metalinius arba guminius), kurie dedami aplink montavimo stulpelius, kad užsandarintų tarpus tarp stulpelio ir stogo, sukuriant vandeniui atsparią barjerą. Apsauginiai lakštai dažnai būna pritaikyti prie konkrečių čerpių formų (pvz., molinės, betoninės, skalūninės) ir integruojami su esama stogo drenažo sistema. Sandariklių, tokių kaip UV atsparus silikono arba butilo guma, naudojama pritvirtinimo vietose ir sujungimuose, kad būtų dar labiau užkirstas kelias drėgmės prasiskverbimui. Be to, montavimo metu atliekamas čerpių pakeitimas arba perkėlimas atidžiai atliekamas taip, kad būtų išlaikytas čerpių persidengimo modelis, išlaikant stogo natūralią hidroizoliaciją. Kai kurios sistemos naudoja „tarp čerpių“ tvirtinimo būdus, kurie telpa tarp čerpių be jokio pramušimo, sumažindamos nutekėjimo riziką. Hidroizoliacija taip pat turi kompensuoti stogo ir saulės sistemos dalių šiluminį plėtimąsi ir susitraukimą, kad būtų išvengta sandariklio įtrūkimų per laiką. Atitikimas pramonės standartams (pvz., ASTM, ISO) hidroizoliacijos medžiagoms užtikrina jų atsparumą lietui, sniegui ir temperatūros svyravimams. Tinkama stogo saulės elektrinės čerpių hidroizoliacija ne tik apsaugo pastatą nuo vandens pažeidimų, bet ir išlaiko stogo garantiją bei pailgina saulės sistemos tarnavimo laiką, nes išvengiama drėgmės sukeltos korozijos montavimo elementuose. Tai yra būtinas žingsnis užtikrinant ilgalaikį saulės elektrinių ant čerpėmis dengtų stogų diegimo sėkmę.